Có thuyết cho rằng Ngọc Hân công chúa và vua Gia Long kết hôn. Thuyết này nêu: Năm Nhâm Tuất (1802), Gia Long bắt được công chúa Ngọc Hân. Thấy nàng có nhan sắc kiều diễm nên không kìm được xúc động trong buổi sơ ngộ tại Phú Xuân. 
Gia Long truyền đưa công chúa vào cung. Tả quân Lê Văn Duyệt can “không nên lấy vợ thừa của giặc”. Nhà vua không nghe, nói: “Tất cả giang sơn này, cái gì lại không lấy từ trong tay giặc, cứ gì một người đàn bà”. Vào cung, Ngọc Hân sinh cùng vua Gia Long 2 con là Hoàng tử Thường Tín và Quảng Oai.
Thậm chí, thuyết này còn được củng cố thêm bằng câu ca dao của người Huế là
“Số đâu có số lạ đời
Con vua mà lại hai đời chồng vua”
Sau người Pháp có mặt ở Huế lại còn có câu phỏng theo nội dung trên là
“Quel rare destin que celui de cette femme
Fille de Roi, elle épouse sucessivement deux Rois”.
Nhiều người tin rằng câu ca dao này ám chỉ Ngọc Hân vì bà là con vua Lê Hiển Tông rồi lại lấy Nguyễn Huệ và sau đó là Nguyễn Ánh.
Tập san Đô Thành Hiếu Cổ (BAVH), số ra tháng 10 - tháng 12.1941, đăng bài viết“Les caprices du genie des mariages ou extraordinaire destinée de la princesse Ngoc Han” của ông Phạm Việt Thường (thư ký ở Tòa sứ Pháp) được dịch ra tiếng Việt là “Những oái oăm của ông Tơ bà Nguyệt hay là số phận lạ lùng của công chúa Ngọc Hân”. Do  BAVH lại là một tập san có uy tín hàng đầu bấy giờ nên từ đây, câu chuyện được nhiều người trích dẫn trở thành nguồn cơn của lời đồn Ngọc Hân lấy hai vua họ Nguyễn không đội trời chung với nhau.
Bằng lối viết đầy kiểu truyện kiếm hiệp, ông Thường viết:
“Một đêm dưới ánh trăng sáng lờ mờ của ngọn đèn ở trong một căn phòng âm u, Ngọc Hân thấy một người đàn ông tráng kiện và uy nghi chậm chạp tiến về phía mình rồi cúi chào.
Ngọc Hân run lên và đánh liều hỏi: - Này võ tướng Nguyễn Quân, người muốn gì ở ta?
Người kia cười đáp: - Không can chi mô. Bà đừng sợ, võ tướng Nguyễn Quân cũng là một người mà có lẽ còn nhân từ hơn cả võ tướng Tây Sơn.
… Trong cơn đau khổ, Ngọc Hân càng làm cho võ tướng thêm xao xuyến và càng yêu quý nhan sắc tuyệt vời của bà hơn. Để tỏ lòng tôn kính Ngọc Hân, vị võ tướng nói mấy lời an ủi rồi rút lui.
Sau một đêm thao thức không ngủ được, Ngọc Hân ngồi dậy uể oải cả người giữa những tiếng chim kêu êm vui và hình như còn nghe những tiếng gào thét của quân lính đang tấn công vào kinh thành. Nàng buồn phiền không muốn trang điểm gì cả! Bỗng nàng thấy một người trong trang phục hoàng gia đang tiến lại gần. Bà nhận ra đó là người quân nhân lạ mặt đêm qua. Chính là Nguyễn Ánh. 
Bà đứng lên xin lỗi về sự nhầm lẫn hôm trước. Gia Long mỉm cười nói: “Hôm nay lệnh bà dậy sớm quá”. Ngọc Hân đáp: “Thưa chúa thượng, suốt đêm qua tôi không hề ngủ được chút nào cả”. “Lệnh bà quả là một vị hoàng hậu dũng cảm. Xin lệnh bà biết cho rằng dù có gì thay đổi đi nữa, đất nước An Nam vẫn chẳng đổi thay. Xin lệnh bà khuây khỏa, đừng buồn nữa. Cung điện này vẫn thuộc về lệnh bà mà”…
Chính vì những câu chuyện diễm tình và cả ca dao không được cắt nghĩa rõ ràng nên có  người đời sau vẫn tin là Ngọc Hân lấy Gia Long và trách công chúa bội bạc với Quang Trung. Sự thật thì không thể có chuyện công chúa Ngọc Hân lấy vua Gia Long vì khi Nguyễn Ánh đánh chiếm Phú Xuân là chuyện đầu thế kỷ 19 thì công chúa đã là người thiên cổ từ thế kỷ trước đó.
Ngọc Hân qua đời năm Kỷ Mùi 1799 và Phan Huy Ích đã soạn 5 bài văn tế chữ Nôm, có ghi chú rõ là Văn tế Vũ hoàng hậu (tức công chúa Ngọc Hân). Hai nhà nghiên cứu sử sau này là Lê Thước và Lê Tư Lành đều xác định Lê Ngọc Hân mất vào ngày 8 tháng 11 năm Kỷ Tỵ (1799).
Bariay (?), một sĩ quan Pháp theo chân Nguyễn Ánh vào ngay Phú Xuân khi vừa chiếm được từ tay Tây Sơn cũng nói rằng ông được Gia Long cho đi xem mặt các công chúa của vua Quang Trung và không ghi nhận sự xuất hiện của công chúa Ngọc Hân.
Cũng có một số thuyết khác nữa về cái chết của công chúa Ngọc Hân nhưng không thuyết nào đề cập đến việc công chúa Ngọc Hân kết hôn với Gia Long. Chẳng hạn Ngô Tất Tố trong "Lược sử công chúa Ngọc Hân" (Thi văn bình chú, Hà Nội 1952) viết: sau khi nhà Tây Sơn thất bại, Ngọc Hân và các con đều đổi tên họ lẻn vào một làng thuộc tỉnh Quảng Nam. Nhưng chẳng bao lâu thì bị phát giác. Ngọc Hân phải uống thuốc độc tự tử, còn hai con đều bị thắt cổ chết.
cong chua Ngoc Han, vua Gia Long, Nguyen Hue, cong chua Ngoc Han yeu vua Gia Long
Mộ Ngọc Hân Công Chúa hiện ở xã Ninh Hiệp (Gia Lâm, Hà Nội) 
Tác giả Nhất Thanh (1971) thì cho rằng khi triều Tây Sơn sụp đổ, Lê Ngọc Hân có bị bắt cùng với hai con hoặc ở Huế hoặc ở nơi khác. Vua Gia Long đã sai giết hai con bà một cách kín đáo, còn riêng Lê Ngọc Hân thì cho về quê mẹ.
Vậy thì người trong ca dao “Số đâu có số lạ đời/Con vua mà lại hai đời chồng vua”mà dân chúng truyền là ai?
Người đó có thật và chúng tôi sẽ đề cập trong phần tiếp.
Anh Tú